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「二林」地名由來的說法，或說移民初拓時，有森林二處，故命名二林。其實這說法是不對的。地名真正由來，是自原住民語。巴布薩族(Babuza)(貓霧拺)二林社(Gielim)所在地。康熙末年間，漢人入墾。1721年設堡，名為二林堡。雍正年間分劃出一堡，即深耕堡。乾隆年間，又從深耕堡分出二林下堡，改原來二林堡為上堡。
1887年，屬台灣府彰化縣二林上堡、二林下堡、深耕堡。1895年隸台灣縣(後又改稱台灣民政支部)彰化出張所管下二林上堡、二林下堡、深耕堡。1898年，屬台中縣二林辦務署二林下堡、深耕堡，部分屬鹿港辦務署二林上堡。1902年，改為彰化廳番挖支廳二林下堡、深耕堡，部分屬鹿港辦務署二林上堡。1909年，再改隸台中廳二林支廳二林下堡、二林上堡及深耕保。日治後期，本鎮改屬台中州北斗郡二林街。1945年，改隸台中縣北斗區二林鎮，1950年底廢區署，改隸彰化縣二林鎮迄今。